நீண்டூர் சுப்ரமணிய சுவாமி கோவில், கோட்டயம் மாவட்டம் நீண்டூரில் அமைந்துள்ள ஒரு பழமையான முருகன் கோவில் ஆகும். நீண்டூர் சுப்ரமணிய சுவாமி கோவில், உள்ளூர் பகுதிக்கு பெருமையையும் புகழையும் கொண்டு வந்த ஒரு வரலாற்று தலமாகும். இக்கோயிலில் பாண்டவர்களும் வியாச முனிவரும் வழிபட்டதாக புராணங்கள் கூறுகின்றன. கோயிலின் தெய்வம் முருகப்பெருமான். நீண்டூர் சுப்ரமணிய சுவாமி கோவிலில் ஆறாட்டு திருவிழா ஒவ்வொரு ஆண்டும் ஏப்ரல்-மே மாதங்களில் மேடசஷ்டி நாளன்று வெகு விமரிசையாக கொண்டாடப்படுகிறது. ஒட்டனரங்கமலை சமர்ப்பணம் இக்கோயிலின் முக்கிய சடங்குகளில் ஒன்றாகும்.